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1. 検 索:先行研究やデータを探したい
----遺伝マーカーを用いた日本産淡水魚類のこれまでの研究やデータを検索,利用することができます---

 検索方法

  • キーワード検索]では,キーワード(和名・地名・学名など)や検索範囲,解析領域で絞ることができます.検索対象(「個体群」,「ハプロタイプ」,「文献」)はキーワード入力欄の右メニューで選択します.
  • 生物分類群からの検索]では,目,科,属,種・亜種のレベルから登録データを検索することができます.分類群の左の+マークをクリックすると,下位の分類群が表示されます.検索対象ごとに登録データ数が表示され,それをクリックするとデータが表示されます.
  • 地域・水系からの検索]では,[地図],[地域区分],[水系一覧],[湖沼一覧],[都道府県一覧]から,検索対象ごとにデータを検索することができます.[地図]では科を絞り込んだり、指定範囲内を任意のキーワードで絞り込むことができます.
  • ホモロジー検索]では,塩基配列を直接検索にかけて類似するデータを検出することができます(2で詳述).GEDIMAP内とDDBJへのBLAST検索が可能です.
  • 新着データ]では,最近登録されたデータを閲覧できます.

 検索結果

  • 検索結果は,【検索・解析】の[検索結果]に,検索対象(「個体群」,「ハプロタイプ」,「文献」)別に格納されます.
  • GEDIMAPの登録番号(Accession No.)として,個体群,ハプロタイプ,文献にはそれぞれ P, H, R から始まる番号がついています.
  • 表示データは,関連する個体群ハプロタイプ文献が相互にリンクされており,利用可能な場合には,外部データベース(DOI,PubMed,fishbase,DDBJ,BOLD)にリンクしています.
  • 登録文献は,日本産淡水魚を対象とした遺伝マーカーを用いた系統,分類・種識別,個体群構造等の研究論文で,ミトコンドリアDNA配列(mtseq)のほか,RFLP(mtRFLP),タンパク質多型(アロザイム)(prot),核DNA配列(ncseq),マイクロサテライト(microsat),AFLP, RAPD, ミニサテライト(minisat)等による論文が含まれます.新規文献ほか,ご存知の文献で登録されていないものがありましたら,ぜひまでお知らせください.
  • 必要とするデータは,各データの「マーク」ボックスをチェックすることにより,【検索・解析】の[マーク・解析]にデータが累積記録されます(4で詳述)
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2. 同定:手持ちのmtDNA配列から種や個体群を同定したい
---手持ちの塩基配列データから,GEDIMAPおよびDDBJデータに対するホモロジー検索ができます---
  • GEDIMAPもしくは国際DNAデータベースに対して,「Blastn」を用いたホモロジー検索ができます.
  • GEDIMAPに対する検索では,検索対象(「個体群」,「ハプロタイプ」,「文献」)を選べ,ホモロジーの高い順に並べ替えることもできます.
  • 各データのアイコン をクリックすると,Blastの詳細が表示されます.
  • Score (bits) やidentity (%) が相対的な適合性の指標となります.ただし,データが十分に登録されていない分類群に関しては,当然同定の精度は下がりますのでご注意ください.一般に90%未満のidentity値のものは候補から外した方がよいでしょう.
  • 国際データベースを検索する場合,DDBJの BLAST WWW System にデータを送り,リンクします.
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3. ツール:未登録データの整理・解析/登録用ファイルの作成に用いたい
---手持ちデータの整理・解析/データバンク登録用ファイルの作成の補助をするプラットフォームとして使えます---

※本機能は現在工事中

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4. 解析:データベースのデータを用いて解析したい/データファイルを作りたい
--検索・表示されたデータのうち,対象とするものを[マーク]し,解析やファイルの出力が行えます---
  • 検索・表示された「個体群」,「ハプロタイプ」,「文献」データの最上部に現れる「マーク」ボックスをチェックすることで,解析対象を選ぶことができます.

 個体群

  • 検索・表示された「個体群」,「ハプロタイプ」,「文献」データの最上部に現れる「マーク」ボックスをチェックすることで,解析対象を選ぶことができます.
  • [グループ化]:選ばれた個体群のグループ化ができます.
  • 個体群あるいは個体群グループに対して,[Arlequinファイル出力],[FASTAファイル出力],[集団間距離],[NJTree出力<工事中>]のメニューにより,各種出力や計算が可能です.
  • [Arlequinファイル出力]:遺伝集団解析の統合ソフト Arlequin (Excoffier et al., 2005) 用のファイル形式「.arp」を表示します.
  • [FASTAファイル出力]:含まれるハプロタイプをFASTA形式でリストアップしたテキストが表示されます.ClustalW などでアライメントを行う必要がある場合に有用です.
  • [集団間距離]:Neiの塩基置換率(D)と純塩基置換率(DA)が算出されます.
  • [UPGMA]:純塩基置換率(DA)に基づくUPGMA樹(群平均法による樹形図)が示されます.
  • [NJTree]:純塩基置換率(DA)に基づく近隣結合樹(NJ樹)が示されます.
  • UPGMAとNJTreeの計算にはPHYLIP 3.6の「Neighbor」プログラムを用いています.
  • 相同な塩基配列しか,直接本ページでは解析することができません.現時点では,アライメントされていないデータは,ファイル出力機能を使って,他の解析ソフト用のファイルを作成し,別途,解析する必要があります.
  • 論文等での使用の際には,別途,定評のある解析ソフトで解析することを強くお勧めします.

 ハプロタイプ

  • [FASTAファイル出力]:ハプロタイプをFASTA形式でリストアップしたテキストを表示します.
  • [ClustalW]:EMBL-EBIのサイトでハプロタイプのアライメントとNJ樹の表示ができます.

 文献

  • 選択された文献のみを表示できます.
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5. 登録:手持ちのデータを登録・提供したい
---手持ちの既発表,未発表データを登録し,データベースを充実させることができます---

 1.ユーザー登録

  • 塩基配列と遺伝子頻度のデータや文献情報は,登録ユーザーのみが登録できます
  • ユーザー登録したい方はまでご連絡ください.

 2.データ登録

  --登録ユーザーはログイン後,データを登録できます---

  • 【データ登録】からいずれかの登録ページに入ると,ログインが求められます.
  • 登録の対象は,基本的に日本に分布する種の日本(および東アジア地域)の個体群です.登録できるデータは、ミトコンドリアDNA塩基配列、その個体群内の頻度、および関連する地理情報やコメントです.
  • データベースに未登録の種がある場合,に連絡ください.

  ---ハプロタイプ(塩基配列)と個体群情報をそれぞれウィザードに従って入力します.両方のデータが必要ですが,ハプロタイプのみを先に入力することができます---

   (1)ハプロタイプを登録する

  • 科や解析領域を指定して,ハプロタイプ配列を登録します.同領域のハプロタイプはアライメントされた状態で入力してください.
  • 同一の出典からのハプロタイプ配列は一括して登録できます.
    (形式)
    ハプロタイプの名称(半角英数字のみ) 半角スペース 配列(一般的な塩基記号のみ)
    (例)
    hap01 ACGTACGTAAGTGATAGATCCA
    hap02 ACGTACGTAAGTGATA-GATCC
    hap03 NNNACGTAAGTGAT---GATCC
        (※アライメントされた同長配列としてください.)
  • ウィザードの指示に従って,出典や国際データDNAバンクのアクセッション番号等を入力してください.

   (2)個体群を登録する

  • 個体群を1つずつ,種やハプロタイプ頻度,地理情報,出典等を,ウィザードの指示に従い登録していきます.

 その他

  • 配列データは可能な限り,国際的なDNAデータバンク(DDBJ/GenBank/EMBL)に登録した後に,アクセッション番号とともに登録してください.
  • 未発表データは,登録者以外閲覧できないようにマスクすることができます.
  • ほとんどのデータ項目はログイン後オンラインで修正できます。修正できない項目については管理者まで連絡ください.
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